Localisation des principaux lacs et des rivières Malbaie, du Gouffre et Jean-Noël. Cliquez sur cette image pour l'agrandir.

Le territoire de Charlevoix est marqué par la présence de plusieurs lacs et rivières. Le drainage du territoire s'effectue principalement par les rivières Malbaie, du Gouffre, Jean-Noël et Saguenay.

Le littoral de Charlevoix couvre une longueur de près de 125 km. Il se situe dans une portion du Saint-Laurent que l'on appelle le moyen estuaire. Les eaux y sont saumâtres. La largeur moyenne du Saint-Laurent dans cette section est de 20 km et sa profondeur peut atteindre 100 m.