La répartition du caribou a changé au 19^e siècle, lorsque la population du Québec, qui était alors concentrée sur les deux rives du Saint-Laurent, a commencé à coloniser l'arrière-pays. Les forêts utilisées par le caribou ont été défrichées pour l'agriculture ou exploitées pour la récolte de bois. Des routes ont été tracées, ce qui a facilité, pour les chasseurs et pour certains prédateurs naturels comme les loups, l'accès au gibier. En plus, vers 1875, l'arrivée de la carabine à répétition a rendu la tâche plus facile aux chasseurs.

C'est ainsi qu'à mesure que le Québec a été colonisé, le caribou est progressivement disparu du territoire. Au début du 20^e siècle, il s'est retrouvé isolé dans deux derniers territoires au sud de la province, les hauts sommets de la péninsule gaspésienne et les secteurs de tourbière de Val d'Or.

Répartition du caribou des bois au Québec et dans les provinces et états adjacents vers 1850 et en 1968 (d'après Paquet 1997 et Brassard 1968)

La harde de Charlevoix à été réintroduite dans la période 1969-1972.